DarkMicro – Exploring microbial dark matter with picoliter droplets

Moderne Sequenzierungsverfahren enthüllen die Existenz einer großen Mehrzahl von Mikroorganismen, die bisher nicht kultivierbar sind, die sogenannte „mikrobielle Dunkle Materie“. Bakterien dieser sogenannten Candidate Phyla (CP) haben ein kleines, reduziertes Genom und leben höchstwahrscheinlich in symbiotischen oder parasitischen Lebensgemeinschaften mit anderen Mikroorganismen. Mit Hilfe tropfenbasierter Mikrofluidik will das Projekt DarkMicro CP-Bakterien aus Grundwasserproben mit potentiellen Wirtsorganismen anreichern um metabolische Abhängigkeiten zu charakterisieren. Die Ultrahochdurchsatz-Inkubation von Bakterienkulturen in Pikoliter-Tropfen eröffnet neue Perspektiven für die Erforschung von Interaktionen in komplexen mikrobiellen Gemeinschaften und die Entdeckung der „mikrobiellen Dunklen Materie“.